核酸在260 nm的消光系数

该计算工具基于近邻模型及文献报道的参数1,2. 详细参数可以参见下表，这些参数是在260nm、中性pH条件下获得的。计算得到的消光系数误差在4%左右（260nm，中性pH条件下）.

DNA和RNA寡聚核苷酸的消光系数 [liter/(mol.cm)].

DNA

RNA

核苷酸

消光系数

核苷酸

消光系数

pdA

15400

pA

15400

pdC

7400

pC

7200

pdG

11500

pG

11500

pdT

8700

pU

9900

dApdA

27400

ApA

27400

dApdC

21200

ApC

21000

dApdG

25000

ApG

25000

dApdT

22800

ApU

24000

dCpdA

21200

CpA

21000

dCpdC

14600

CpC

14200

dCpdG

18000

CpG

17800

dCpdT

15200

CpU

16200

dGpdA

25200

GpA

25200

dGpdC

17600

GpC

17400

dGpdG

21600

GpG

21600

dGpdT

20000

GpU

21200

dTpdA

23400

UpA

24600

dTpdC

16200

UpC

17200

dTpdG

19000

UpG

20000

dTpdT

16800

UpU

19600

消光系数通常用来计算核酸分子的浓度（Lambert-Beer law）

浓度(mol/l) = A260nm/(ε * pathlength(cm))

退火温度(Tm) 的计算

对于长度小于14nt的oligo来说，计算公式：3: Tm = (nA + nT)*2 + (nG + nC)*4

对于长度大于13nt的oligo来说，计算公式：Tm= 64.9 +41*(nG + nC - 16.4)/(nA + nT + nG + nC)

公式中n为序列中A,T,C,G各自的数量.

分子量的计算

DNA 分子量 (这里特指合成的DNA引物. 计算过程中假定5'没有单磷酸)

分子量 = (An x 313.21) + (Tn x 304.2) + (Cn x 289.18) + (Gn x 329.21) - 61.96

An, Tn, Cn, 和 Gn 分别是A,T,C,G的数量

References

1. Cantor C.R., Warshaw M.M., and Shapiro H. (1970) Oligonucleotide interactions. III. Circular dichroism studies of the conformation of deoxyoligonucleotides, Biopolymers 9, 1059-1077.

2. Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.

3. MARMUR J, DOTY P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol. 1962

4. Wallace,R.B., Shaffer,J., Murphy,R.F., Bonner,J., Hirose,T., and Itakura,K. (1979) Nucleic Acids Res 6:3543-3557